in - обозначает то что мы собираемся войти внутрь здания или уже в нем
zu - обозначает намерение, цель приблизится К зданию или допустим К врачу сходить

Не уверен, что есть правило. Предлог in используется как с Akkusativ так и с Dativ. Так что его вполне можно использовать в этих случаях.Скажу лишь, что каждый раз когда я слышу zur Schule gehen это в основном всегда обозначает ходить в школу вообще - т.е. являться школьником. А вот in die Schule gehen
- идти в школу на занятия в конкретное время.